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Após a sua eleição como Presidente do Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas (CRUP), a 14 de outubro de 2014, António Cunha constituiu as equipas das diferentes comissões que constituem o CRUP.
A Comissão Permanente deste órgão passa a integrar a Universidade de Coimbra, na qualidade de vice-presidente, a  UTAD, que integra pela primeira vez este órgão, como Vogal, a par da Universidade Católica Portuguesa e da Universidade de Évora.
O modelo de funcionamento prevê a criação de cinco comissões especializadas: Ensino, assuntos Jurídico-institucional, Investigação, assuntos financeiros e Internacionalização, as quais integram elementos de todas as universidades.
Constituída pelo presidente do Conselho, pelo vice-presidente e por três membros designados pelo plenário (artigo 8º: Estatuto Jurídico do Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas) compete à comissão permanente:
a) Apoiar o presidente na condução dos assuntos correntes do Conselho;
b) Colaborar na preparação dos projetos de orçamento e dos relatórios de atividades e de prestação de contas;
c) Exercer as competências delegadas pelo plenário.
O CRUP – Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas é uma entidade de coordenação do ensino universitário em Portugal e integra como membros efetivos o conjunto das Universidades públicas e a Universidade Católica Portuguesa, num total de 15 instituições de ensino superior, procurando nesta medida constituir um núcleo de representatividade significativo de uma parte importante do sistema nacional de Ensino Superior.